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参与Folding@home

虽然明天就要考iBT了,但利用上午一点时间在家里服务器上装了Folding@home客户端。

 

特地写这个文章主要是希望更多的人能参与进这个项目,下面是关于这个项目的一点介绍:

Folding@home是一个研究研究蛋白质折叠,误折,聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。我们使用联网式的计算方式和大量的分布式计算能力来模拟蛋白质折叠的过程,并指引我们近期对由折叠引起的疾病的一系列研究。

 --来自Folding@home 的中文网站

该项目的主页以及中文版本分别是:

http://folding.stanford.edu/

http://www.equn.com/folding/

简单点说Folding@home 就是一个分布式计算的客户端程序,可以利用你电脑的闲散时间处理蛋白质折叠计算。

前不久在淘宝上花了400多块钱买了一台2手的HP e-PC当作服务器用,装了debian r4.0。主要用来做家庭数据库管理和下载服务器,同时也是作为将来制作智能家庭管理系统的核心服务器。不过目前看来这台机器平时基本还是闲置的,与其闲置,还不如为人类做点贡献吧...

目前Folding@home 已经包含windows\linux\BSD甚至PS3的客户端,对于windows版配置比较简单,下面我说说如何在Debian发行版以及其衍生版本中配置Folding实现自动启动。

文章主要参考http://ubuntuforums.org/archive/index.php/t-12071.html

首先是下载:

#wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH502-Linux.exe
比较奇怪为什么linux版本还要加exe后缀,先不管这个,然后将他放在一个目录下。比如~/FAH,这样做一方面因为Folding

会在当前目录下放置计算过程数据,同时如果可能,可以在同一台机器上运行多个Folding,这就要求将不同的Folding进程对应程序存放在不同目录下。

然后在~/FAH中创建startfah.sh配置脚本

#vim ~/FAH/startfah.sh

写入下面代码:

#!/bin/sh
cd /home/csk/FAD
/home/csk/FAD/FAH502-Linux.exe -forceasm -advmethods >/dev/null 2>&1 &
exit 0

注意:将csk改为你的用户名

然后将他设为可执行:

#chmod +x startfah.sh

接着在/etc/init.d/中创建诸如fad的文件

#sudo vim /etc/init.d/fad

将下面代码写入文件:

#!/bin/sh
# /etc/init.d/fah for Ubuntu
# Start/stop/restart the F@H service.

fah_start() {
if [ -x /home/csk/FAH/startfah.sh ]; then
echo "Starting F@H: /home/csk/FAH/startfah.sh"
/home/csk/FAH/startfah.sh
fi
}

fah_stop() {
sudo killall FAH502-Linux.exe
}

fah_restart() {
fah_stop
sleep 2
fah_start
}

case "$1" in
'start')
fah_start
;;
'stop')
fah_stop
;;
'restart')
fah_restart
;;
*)
fah_start
esac

 注意上面的csk是我的用户名,你需要做相应修改

最终设置执行权限并在对应runlevel中加入symbol link:

#sudo chmod +x /etc/init.d/fah

#ln -s /etc/init.d/fah /etc/rc2.d/S99fah

 

接着先进入~/FAD中执行./FAH502-Linux.exe

这样做是因为第一次执行Folding时候需要作配置工作,比如设置用户名和执行优先级,可以用它的默认配置,然后再开始计算后终止进程。你可能会看到下面的画面:

[01:18:33] Preparing to commence simulation
[01:18:33] - Assembly optimizations manually forced on.
[01:18:33] - Not checking prior termination.
[01:18:34] - Expanded 291189 -> 1461493 (decompressed 501.9 percent)
[01:18:34]
[01:18:34] Project: 3040 (Run 24, Clone 261, Gen 30)
[01:18:34]
[01:18:34] Assembly optimizations on if available.
[01:18:34] Entering M.D.
[01:18:54] (Starting from checkpoint)
[01:18:54] Protein: p3040_supervillin-03
[01:18:54]
[01:18:54] Writing local files
[01:18:55] Extra SSE boost OK.
[01:18:55] Writing local files
[01:18:55] Completed 0 out of 5000000 steps  (0%)

接下来只需要重启系统即可。

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